“只有你才能打倒那个家伙。”
英灵士郎将击败吉尔伽美什的任务交给了人类士郎，这是他无法回避的责任。只要他依然认可自己正义伙伴的身份，那么打倒代表邪恶的吉尔伽美什，就是他必须完成的使命。
只可惜，仅凭自身的力量，士郎根本无法在吉尔伽美什的手底下支撑几招。这时，失去了从者的凛为了帮助爱人，将自身的魔术回路赋予士郎。士郎拥有的技艺不足以打败使用了五成实力的英雄王，身体虽然没受伤，但是在内心中却被吉尔伽美什讽刺的话语刺伤，他在理想与自我之间徘徊。绝望中想起了与未来自我的对决，“不是早就决定的事吗，怎么才过一天就忘记了。”
士郎使用了他唯一被允许使用的魔术，固有结界。那是刀与剑的坟墓，埋葬着世间所有赝品之剑的墓地。这段咒语是王明在配音过程中念的上百遍，却一直达不到满意效果的咒语，最后在月倩音的帮助和启发下，终于录出令人满意的效果。在一段经费燃烧之战后，卫宫士郎利用对方轻敌的心理，斩断了吉尔伽美什的右手，并对吉尔伽美什造成了几乎一分为二的巨大伤势，吉尔伽美什败了。
另一边，赶到后山水池旁的saber终于见到了圣杯的真面目，那根本不是她追求的万能许愿器，比较而言反倒不如地狱中挣扎嚎叫的恶鬼来的好看，原来十年前那个男人看到的是这些，这才是那个男人强行催动令咒也要破坏的圣杯。saber现在的想法是：如果真的向这种圣杯许愿，愿望不仅不会成功，反而会将世界推向毁灭吧。
就在凛利用第二枚令咒强行命令saber破坏圣杯准备启动第三枚圣杯时，观众认为已经死去红A的声音突然出现，利用从头至尾只出现了一次的弓箭为凛开辟了一条安全道路。
获得了凛最后魔力的saber终于坚定的举起圣剑，金黄色的光芒照亮了黑夜，黑泥带来的恐怖也在光辉中隐没。看着这道光辉，观众不禁想起《Fate zero》当中，破开大海魔身体的的巨型光柱。悲壮的圣歌在怒吼声中响起，特效燃烧的经费在这一刻急剧上升，巨大的能量在如同绳索般魔术回路传导中破坏了圣杯本体，巨型十字光柱在天空绽放出通天彻地的光芒。圣杯被破坏了，saber也耗尽了力量化为光尘，缓缓消散在天地间。
“没想到再次品尝到失败滋味的本王，将要面对的竟然是个魔力耗尽的赝品。”
这一次又是红A救场，一击将士郎从毁灭的边缘拉了出来。吉尔伽美什被圣杯吞噬，漫长的黑夜终于走到尽头，但还有场从者与御主间的大戏将要开场。天色方明，光之粒子逐渐化为粉尘消散在天地间，松开发箍，第一次露出灿烂笑容的红A是那么的帅气，甚至比帅醒歌中的模样还帅。温柔的笑声中，红A将另一个自己托付给凛。
从险死还生的战场归来，凛在圣杯战争中出色的表现传入时钟塔，老顽固们卖宝石翁一个面子，邀请她来时钟塔进修，原以为会独自一人留在冬木市的士郎接到了凛的“征召令”以侍从身份加入时钟塔进修基础学科。
在路上，士郎遇到了露维亚。
露维亚经常和凛作对，一开始看着两人亲密的模样就想将他抢过来，但最后却沦陷在他的温柔中，对他产生了好感，这也成为她和凛之间又一不可调和的矛盾。
受不了露维亚一见到士郎就围着他转的模样，吃醋的凛将一天的课全部改为防身术，并向艾德菲尔特家的千金，露维亚瑟琳塔发出挑战。一场激烈的战斗，最终以两败俱伤告终。露维亚在不计量宝石魔术治愈下优雅的离开战斗厅，反观凛却只能带着浑身的伤口和士郎在休息室内休息。凛躺在士郎腿上，士郎用怜爱的眼睛，温柔的双手抚慰着凛的伤痛，并在凛的追问