明朝除了在运河沿岸设立钞关之外，没有其他大规模收取商税的手段了，更别提向海商收税了，因为本朝禁海。所以，琼州营绕过朝廷的管制，在两个最大的海岛设立税关，在制度上是一种突破，为前所未有之创举。
虽然从征收的对象来看，琼州营收税和郑芝龙收保护费有类似之处，但是境界相差甚远。卖令旗、收保护费还停留在黑道做派的水准，而按商品价值、利润的高低分类收税，已经是近代国家的通行做法，实际上琼州营是利用朝廷在海上的权力真空，在行使国家权力。而且海上商税的制度成熟后，将来随着琼州营进军内陆，就可以向所有的行业推广。在夏天南看来，明朝商税和农业税的比例严重失调，国家财政收入不应该寄托在无立锥之地的农民身上，从现在开始，他就要凭借手中的武力慢慢养成国人纳税的习惯。
让自由自在惯了的海商集中在指定的港口纳税，看似是一个艰难无比的任务，但是实际上却没有想象的那么难。郑芝龙在覆灭之前，已经给琼州营打好了底子：三千两银子一面旗子，只要你在海上跑买卖，不插旗子就要你命。慑于郑芝龙的淫威，海商们都乖乖接受了这种规矩。现在海上的霸主换人，虽然规矩比郑家啰嗦了一些，但海商没有选择的余地，反正还是花钱买平安嘛，不过按货物分类纳税，银子花的多了些而已。不过在财大气粗的海商眼里，三千两和五千两、六千两也没有质的区别。
两广这一带是琼州营的大本营，琼州营凶名在外，无人敢捋虎须，加上巡抚暗中支持，无需大费周章，两广的商船乖乖地载着货物来博辅验货纳税。平日稍显冷清的博辅港一下子变得热闹非凡，南洋来的、往南洋去的、准备前往日本的，各路海商齐聚一堂，大大小小的商船一直排到了外海，都在等着新成立的“博辅税关”清点货物、收取税费后给他们一面旗子和一本小册子——上面记载了该次航行所载货物的品种和纳税额，以及税关的名字、完税的日期，还有办税人的签名和印章。等到该船从南洋或者日本返回，新的货物又要重新清点估值，相应的内容就接着前次的继续填写，小册子可以反复使用。
林伟业领导下的技术研究院这次露了脸，他从广州挖来的印刷达人沈笑阳给纳税册子设计了防伪的技术，用红、蓝、黑等色在册子内页套印花纹图案，加上雕刻异常精密的印章，让一般人根本模仿不了，以防止有人假造册子逃税。
除了用多色套印的技术防伪，夏天南还准备从制度上堵住可能出现的漏洞，让台南和博辅两地税关的税务经办人员定期轮换。这样一来，即使有人侥幸仿制出了纳税册子，纳税地和收税人的签章对不上，也是白瞎。
税关开张的前几天，张明礼亲自带人登船清点登记货物，尤其对装载瓷器、茶叶往南洋的商船查验格外仔细，博辅税关收入的大头都要落在这些货物身上。
各条船上验货员的声音此起彼伏：“景德镇青花瓷花瓶三百件！”
“福建武夷茶两百担！”
“广州本地干毛茶一百担！”
……
验货员清点查验货物报数后，统计员则记下货物种类和数量斤两，交给岸上的税务员，他们按照事先准备好的货物分类纳税表噼里啪啦用算盘计算出税额，然后船主交税领取证明完税的册子，首次来的还要领面“琼”字旗子插在船上，纳税的流程就算走完了。船主们把这个流程称之为“过关”。
博辅税关开张后，第一个月就收入二十万两白银，几乎是棉布生意一年的销售额。从第二个月起，“过关”的商船密度下降，收入减少，但是还保持了平均十二万两白银的月平均收入。考虑到部分海商还在观望阶段，加上巴达维亚等地的欧洲商船还没等到返回欧洲最佳的