《里瓦几亚条约》名义上是将伊犁交还乾国，实际上却将十分之七的土地割给了俄国，其中包括具有战略意义的特克斯河流域和木扎提山口。它使俄国得到五百万卢布赔款，有权在七个重要地点设置领事馆，并且可以沿松花江航行直至渤洲的伯都讷。当这些条款电告北京时，惊讶的总理衙门电令崇厚不要在条约上签字。崇厚不明所以，但在俄国人的诱骗下，顾及情面，只在草约上签了字，而俄国人则就此宣称该条约已经缔结，文本业已誊清；改订或重新谈判条约已不可能，对此一无所知的崇厚还以为自己完成了任务，在俄国人的热烈欢送下回国。
消息传到国内，使乾国官场惊愕莫名。总理衙门认定，用这种方式将伊犁交还的话，还不如不交还为好。左季皋闻知消息，竟然立刻上奏参劾崇厚，称他辛苦经营新疆的战果因崇厚的愚蠢行为而付诸东流。他摆出一副大义凛然的样子上奏朝廷：“就事势次第而言，先之以议论，委婉而用机，次决之以战阵，坚忍而求胜”，他的奏折立刻迎合了朝中士大夫们的求战雪耻之心，毫不计及国家是否有备。在他的带动下，无数奏疏象雪片飞来，要求严惩缔约人和撤销条约。可能是为了撇清和崇厚的关系，左季皋竟然奏称：“俄人索之，可为至贪至横；崇厚允之，可谓至谬至愚……然臣以为不足惧也。必改此议，未必有事；不改此议，不可为国。”并要求将崇厚处斩，以示乾国拒不承认该约的决心，纵然诉诸战争亦在所不惜。因为左季皋说出了很多士子文人和官员们心里的话，他再一次出了名。
朝廷随后任命曾伯函的儿子毅勇侯曾济择作为第二次出使俄国重新商订条约的首席代表。与此同时，判处崇厚死刑的事遭到了英、法、德、美各国外交代表们的强烈反对，他们认为对这样一位外交官同事受到的不人道的待遇不能置若罔闻。后来英国维多利亚女王亲自给仁曦太后写信求情，这才于今年 6 月 26 日宣布崇厚的死刑暂缓执行，不过在第二次出使未获结果以前仍予囚禁。俄国方面对此大为不满。声称只要崇厚未得到完全赦免，就不与曾济泽谈判，这一声明无形当中更加重了崇厚的罪名，使得朝野士子杀声不绝。
崇厚下狱之后。以为自己这一次必死无疑，正自绝望之际，不料事情却有了转机。
首先是敬亲王和纯亲王都上书为崇厚进行了辩解，敬亲王认为，崇厚虽然通晓洋务。但所办理的多为实业，外交非其所长，让这样一个人前去俄国谈判本身就是朝廷用人不当，“盖自林文襄去后，再未有洋务之全才”，所以才会出现这样被俄国蒙骗而“丧地失利”的结果，责任不应当由崇厚来负，纯亲王指出：“惟此次崇厚出使系奉旨给与全权便宜行事之谕，不可谓无立约定议之权。若先允后翻，其曲在朝廷。不在崇厚”，在两位亲王力保的情况下，朝廷宣布赦免了崇厚的死罪，改为流放。
被乾国的行动所激怒的俄国借调兵日本之机，派了一支由23艘战舰组成的舰队驶往乾国炫耀海军威力，战争有一触即发之势，人们普遍担心俄国海军在沿海发动进攻，来配合从西伯利亚派兵通过渤洲直逼北京的行动。大乾朝廷并不想加剧冲突，但是在士大夫们的激情的推动下，只好违心地采取了强硬立场。为了预防万一发生战争。朝廷起用了几名有平定圣平军战功的湘军军官充任要职，并向已经在琉球完成集结的乾国船政水师和北洋水师下达了备战令，防范俄国舰队可能的进攻。李绍泉随即命令丁禹廷率北洋水师离开了琉球，回到大沽口布防。而船政大臣丁雨生则乘船赶到琉球坐镇。指挥船政水师。
见到乾国态度强硬，俄国不得不做出让步，同意和曾济择进行谈判，朝廷见事有转机，就此赦免了属于渤人大臣的崇厚，取消了他的流放。改为“降三级留用，罚俸三年”的处罚。